激動のSJ3から一ヶ月が過ぎた。北海道に帰省した香蓮は、GGOを続けるかどうか迷っていると美優に打ち明ける。だが美優は香蓮の本当の悩みが、エルザや咲から向けられるピュアなライバル心に困っていること、そしてGGOでの殺し合いに戸惑いつつも、戦う楽しさに魅了されていることだと見抜く。
そんな中、GGO運営からSJとは違う、新しいゲームへの案内が届く。その内容は、「専用特設フィールドで新型NPC達が守る《拠点》を、複数チームで同時に攻略する」というものだった。